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中山大学中山眼科中心单细胞转录组个性化数据线上分析系统项目


中山大学中山眼科中心就单细胞转录组个性化数据线上分析系统项目组织单一来源采购,评标工作已经结束,成交结果如下:

一、项目名称:中山大学中山眼科中心单细胞转录组个性化数据线上分析系统

二、中标(成交)信息

供应商名称:北京新抗元生物技术有限公司

供应商地址:北京市昌平区生命科学园路291B316-12

中标(成交)金额:人民币壹拾贰万元整(¥120,000

三、主要标的信息

编号

功能模块

描述

1

细胞属性表

存储、显示细胞矩阵。

2

基因属性表

存储、显示基因表达信息。

3

样本属性表

存储、显示样本分组信息。

4

任务模块

显示任务、查看任务结果等。

5

图库模块

任务中产生的图永久存储。

6

报告模块

交付标准流程报告。

7

基因集

Marker基因。

8

细胞集

筛选过的细胞存储显示。

9

细胞定型

查看marker基因集聚类表达热图。

10

定型分组

存储、显示自定义分组信息。

11

样本分组

存储、合并、显示自定义分组信息。

12

个人中心

修改密码、样本信息、帮组文档等信息。

13

多级账户

多个账户可合并在一个账户里面管理。

14

表格工具

 

15

选择

选择数据信息,正选、反选。

16

显示列配置

显示想要看到的列,隐藏不想看到列。

17

固定列

固定显示某一列或某多列。

18

复制列

复制某一列信息,可更改列内容。

19

筛选列

筛选某一列中内容,如大于100的数值、模糊某一列的字符。

20

保存集合

保存所选结果到细胞集、基因集。

 

细胞工具:

 

21

小提琴QC

使用小提琴图展示各类细胞的QC分布。

22

Tsne/umap

tsne/umap/pca降维散点图上显示样本、聚类、QC等信息。

23

差异基因分析

指定不同类或者不同样本进行差异基因分析,对照组为空时,默认和处理组之外的所有细胞进行差异比较分析。

24

细胞异质性差异分析

计算亚群中所有细胞两两间的欧式距离并以箱线图的形式表示其分布,距离分布越高则表示该亚群细胞异质性越高。

25

细胞比例差异分析

比较样本或者分组之间各类细胞比例差异,寻找特有细胞亚群。

26

细胞轨迹分析

对选中的细胞进行伪时间排序,构建细胞拟时间序列轨迹,同时寻找与拟时间变化显著相关的基因。

27

基因表达筛选

根据基因表达值筛选细胞。

28

聚类

重新聚类

 

基因工具:

 

29

GO富集分析

使用clusterProfiler对选中基因集进行GO富集分析。

30

KEGG富集分析

使用clusterProfiler对选中基因集进行Patahway富集分析。

31

Marker基因表达热图

使用热图展示所选基因在各个亚群或者样本中的表达情况。

32

Marker基因表达小提琴图

使用小提琴图展示所选基因在各个亚群或者样本中的表达分布。

33

Marker基因表达散点图

使用降维后的细胞散点图展示所选基因在每个细胞中的表达情况。

34

基因平均表达热图

使用热图快速展示所选基因在各个亚群或者样本中的平均表达情况。

四、评审专家(单一来源采购人员)名单:

梁晓松、甄利双、朱伟团、李翔,吴成、肖柳容、张草贤(采购人代表)

五、公告期限

自本公告发布之日起3个工作日。

凡对本次公告内容提出询问,请按以下方式联系。

联系方式: 

信息科 肖柳容 TEL02087330352

监察室 敖老师 TEL02066618937

 

中山大学中山眼科中心

2021128

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