眼科研究所于1982年成立，是中山眼科中心的一个重要组成部分。在此基础上 1991年又成立了卫生部眼科学实验室, 她是我国唯一的卫生部眼科实验室。研究所现有视觉生理、生化、病理、免疫、眼库、遗传和分子生物学、玻璃体视网膜病等实验室。

　　眼科研究所现任所长为杨培增教授，副所长为吴德正教授。前任所长为吴乐正教授、陈家祺教授、葛坚教授。研究所现有科研人员和管理人员46人，其中正高职称10人, 副高职称10人，科技人员具有较高的科研素质和能力, 他们中7位具有博士学位，10位具有硕士学位，6位为博士生导师，9位为硕士生导师。 眼科研究所主要从事眼科临床基础研究, 采用先进的科学技术手段和方法，从视觉生理,病理、药理、免疫、遗传和分子生物学等方面，对常见致盲眼病的发病机理和防治开展前沿性研究，旨在推动眼科医疗的发展。

　　眼科研究所目前具有较好的眼科科研仪器，除常用实验仪器外, 还有冷冻干燥仪、低温冰箱、凝胶成像系统、CO2培养箱、冷冻离心机、DNA荧光浓度测试仪、PCR 扩增器、光电扫描角膜内皮分析仪、多焦视觉电生理仪和ICG脉络膜造影仪等。

　　眼科研究所自1982年成立以来， 已获得国家级（包括国家自然科学基金）课题 26项、省部级课题28项、厅局级课题4项、其他课题38项。已发表论文510篇,著书8本。已经获得的成果包括国家级成果2项、省部级成果20项、厅局级成果28项和其他成果10项。申请专利3项。

　此外，眼科研究所还负责眼科医院黄斑病专科、葡萄膜炎专科、遗传和小儿眼病专科工作。还负责部分肿瘤专科、白内障专科、结膜病专科的临床诊治工作，把科研工作和临床工作紧密地结合在一起，提高了诊疗水平。